Σύμφωνα με τον Παυσανία ο θνητός πατέρας του Τροφώνιου είναι ο Εργίνος και θεϊκός πατέρας του ο Απόλλων, ενώ για τη μητέρα του δεν έχουμε συγκεκριμένη αναφορά.
Το όνομα προέρχεται ετυμολογικά από το τρέφω και αυτός είναι πιθανώς ο λόγος που ο Στράβων και αρκετά επιγραφικά μνημεία τον ονομάζουν Τρεφώνιο.
Ο Τροφώνιος ήταν ένας μυθικός αρχιτέκτονας της αρχαιότητας. Mαζί με τον αδελφό του Αγαμήδη χρησιμοποίησε τον λίθο στην κατασκευή μνημείων, σε αντικατάσταση των πλίνθων και των ξύλων. Ανάμεσα στα μνημεία που τους αποδίδονται είναι ο ναός του Απόλλωνα στους Δελφούς, το σπίτι του Αμφιτρίωνα και της Αλκμήνης στη Θήβα, ο μεγαλοπρεπής ναός του Ποσειδώνα κοντά στην Τεγέα, και τα θησαυροφυλάκια του Υριέα και του Αυγεία.
Μόνος του ο Τροφώνιος ανέλαβε το ναό του Απόλλωνα στις Παγασές και το δικό του μαντικό ιερό στη Λιβαδειά, όπου και λατρεύτηκε ως χθόνιος θεός και μάντης.
Μετά το θάνατο του οι κάτοικοι τον ανακήρυξαν ήρωα και κάθε χρόνο έκαναν προς τιμή του γιορτή, που την ονόμαζαν Τροφώνια.
Αργότερα ο «Βοιωτός ήρωας» έγινε πανελλήνιος και ισάξιος με άλλους γνωστούς αθάνατους θεούς.
Η σχέση με τον Κάτω Κόσμο
Η σχέση του με τον Κάτω Κόσμο προφανώς ξεκίνησε, όταν τον κατάπιε η γη αμέσως μετά το θάνατο του αδελφού του. Ο Αγαμήδης και ο Τροφώνιος, κατασκεύασαν το θησαυροφυλάκιο του Υριέα, βασιλιά στην aylida της Βοιωτίας. Με την κατασκευή αυτού του θησαυροφυλακίου, φαίνεται πως έχει άμεση σχέση και η δημιουργία του Μαντείου του Τροφωνίου. Σύμφωνα με τον Παυσανία ως κατασκευαστές, γνώριζαν και τον τρόπο με τον οποίο μπορούσαν να μπαίνουν. Αφαιρώντας κάποιο λίθο, μπορούσαν να μπαίνουν απαρατήρητοι μέσα στο κτίσμα και να αφαιρούν από τον θησαυρό του Υριέα. Καταλαβαίνοντας ο Υριέας ότι του έλειπε χρυσάφι, και μάλιστα χωρίς να φαίνεται ίχνος παραβίασης της εισόδου, ζήτησε την βοήθεια του Δαίδαλου για να συλλάβει τον κλέφτη ή τους κλέφτες. Ο Δαίδαλος έστησε μια παγίδα και κάποια βραδιά, την ώρα που πήγαιναν να κλέψουν, πιάστηκε σ' αυτήν ο Αγαμήδης. Ο Τροφώνιος, που ήξερε πως η τιμωρία για τον αδελφό του θα ήταν βασανιστική και φοβερή και πως με τα βασανιστήρια ο Αγαμήδης θα μπορούσε να αποκαλύψει κι αυτόν ως δράστη και συνεργό, δεν δίστασε να τον αποκεφαλίσει. Παίρνει το κεφάλι του Αγαμήδη και τρέχοντας μέσα στη νύχτα φεύγει από την Αυλίδα. Κατορθώνει μετά από χίλιες δυο περιπέτειες να φτάσει στη Λιβαδειά. Εκεί ανοίγει η γη και τον καταπίνει μαζί με το κεφάλι του Αγαμήδη. Έτσι, σύμφωνα με τον Παυσανία, δημιουργήθηκε στο Άλσος της Λιβαδειάς, ο «Βόθρος του Αγαμήδη». Από την ίδια εκείνη στιγμή ο Τροφώνιος μεταμορφώνεται σε χθόνιο Δαίμονα, σε μια θεότητα που εγκαταστάθηκε μέσα στη σκοτεινή γη και αρχίζει το μαντικό του έργο. Όσοι αναζητούσαν χρησμό από τον Τροφώνιο έπρεπε να θυσιάσουν κριό στον λάκκο, στο άλσος της Λιβαδειάς.
Το χάσμα ή σπήλαιο του Τροφώνιου ξεχάστηκε και ανακαλύφθηκε εκ νέου όταν οι Λιβαδείτες υπέφεραν από λιμό, και συμβουλεύτηκαν το μαντείο των Δελφών. Η Πυθία τους αποκάλυψε πως ένας ανώνυμος ήρωας είχε θυμώσει γιατί ήταν παραμελημένος. Έπρεπε, λοιπόν, να βρουν το τάφο του και να του προσφέρουν εφεξής λατρεία. Μετά από πολλές ανεπιτυχείς προσπάθειες ένας νεαρός βοσκός ακολουθώντας τις μέλισσες ανακάλυψε μια τρύπα στο έδαφος, ένα χάσμα δηλαδή. Εκεί αντί για μέλι συνάντησε έναν δαίμονα. Ο λιμός σταμάτησε και η Λιβαδειά απέκτησε το διάσημο μαντείο της.
Φιλολογικές μαρτυρίες
Οι φιλολογικές μαρτυρίες για αυτό το μαντείο είναι ασυνήθιστα πολλές και από διαφορετικούς συγγραφείς. Ο Ηρόδοτος, ο Αριστοφάνης, ο Παυσανίας, ο Πλούταρχος και ο Στράβων αναφέρονται σε αυτό σε διαφορετικές ιστορίες και φυσικά χρονικές στιγμές της λειτουργίας του. Σημαντικότερη εξ αυτών θεωρείται εκείνη του Παυσανία για την κάθοδο του αναζητητή στο χάσμα.
"Τα διασημότερα πράγματα στο άλσος [στη Λιβαδειά της Βοιωτίας] είναι ένας ναός και ένα άγαλμα του Τροφώνιου. Το άγαλμα, που φτιάχτηκε από τον Πραξιτέλη, έχει τη μορφή του Ασκληπιού […] Αν προχωρήσει κανείς προς τα πάνω, προς το μαντείο, και από εκεί στο βουνό, θα φθάσει σε αυτό που ονομάζεται το Κυνήγι της Κόρης […] Αυτά που συμβαίνουν στο μαντείο είναι τα ακόλουθα. Σαν θελήσει κάποιος να κατεβεί στο μαντείο του Τροφώνιου, εγκαθίσταται πρώτα σε ένα ορισμένο κτήριο για ορισμένες μέρες, αφιερώνοντας έτσι τον εαυτό του στον Αγαθοδαίμονα και την Τύχη. Όσο μένει εκεί, ανάμεσα στους άλλους κανονισμούς για αγνότητα απέχει από τα ζεστά λουτρά, λουόμενος μόνο στον ποταμό Έρκυνα. Κρέας έχει άφθονο από τις θυσίες, γιατί εκείνος που κατεβαίνει, θυσιάζει στον ίδιο τον Τροφώνιο και στα παιδιά του, στον Απόλλωνα επίσης και τον Κρόνο, στον Δία τον Βασιλέα, στην Ηνίοχο Ήρα και τη Δήμητρα, την οποία αποκαλούν Ευρώπη και λένε ότι ήταν τροφός του Τροφώνιου. Σε κάθε θυσία είναι παρών ένας μάντις, που κοιτάζει τα εντόσθια του σφάγιου και μετά την επιθεώρησή του προφητεύει σ' εκείνο που θέλει να κατέβει αν θα τύχει ευγενικής και γενναιόδωρης υποδοχής. Τα εντόσθια των άλλων σφάγιων δε δείχνουν τόσο την πρόθεση του Τροφώνιου, όσο εκείνα του κριού, το οποίο θυσιάζει ο αναζητητής του χρησμού σε ένα λάκο τη νύχτα που κατεβαίνει, επικαλούμενος τον Αγαμήδη. Ακόμη κι αν ήταν ευνοϊκές οι προγενέστερες θυσίες, δε λαμβάνονται υπ’ όψιν, εκτός και αν τα εντόσθια του κριού δείχνουν τα ίδια. Αλλά αν συμφωνούν, τότε ο αναζητητής κατεβαίνει με ελπίδα καλή. Η διαδικασία της κατάβασης έχει ως εξής. Πρώτα, κατά τη διάρκεια της νύχτας τον οδηγούν στον ποταμό Έρκυνα δύο αγόρια πολιτών περίπου 13 ετών, που ονομάζονται Ερμαί. Πηγαίνοντάς τον εκεί τον αλείφουν με λάδι και τον λούζουν […] Μετά από αυτό τον παραλαμβάνουν οι ιερείς και τον οδηγούν, όχι αμέσως στο μαντείο, αλλά στις πηγές του νερού πολύ κοντά η μία στην άλλη. Εδώ πρέπει να πιει νερό, το αποκαλούμενο ύδωρ της Λήθης, έτσι ώστε να ξεχάσει όσα σκεπτόταν ως τότε, και κατόπιν πίνει ένα άλλο νερό, το ύδωρ της Μνημοσύνης, που τον βοηθά να θυμηθεί αυτά που βλέπει κατά την κάθοδό του. Κατόπιν βλέπει το άγαλμα που λένε ότι έγινε από τον Δαίδαλο (οι ιερείς δεν το δείχνουν παρά μόνον σε εκείνον που πρόκειται να επισκεφθεί τον Τροφώνιο). Αφού το δει, το λατρέψει και προσευχηθεί προχωρά στο μαντείο […] Μετά την άνοδό του από τον Τροφώνιο ο αναζητητής οδηγείται από τους ιερείς σε ένα κάθισμα, που ονομάζεται κάθισμα της Μνημοσύνης, όχι πολύ μακριά από το ιερό, όπου οι ιερείς τον ρωτούν όλα όσα είδε ή έμαθε. Αφού πάρουν τις πληροφορίες, τον εμπιστεύονται στους συγγενείς του. Τον σηκώνουν, παραλυμένο από τον τρόμο και ασυνείδητο, τόσο σε σχέση με τον εαυτό του όσο και σε σχέση με το περιβάλλον και τον μεταφέρουν στο πρότερο κατάλυμμά του με την Τύχη και τον Αγαθοδαίμονα. Κατόπιν, όμως, θα αναλάβει τις δυνάμεις του και θα επιστρέψει σ’ αυτόν η δύναμη του γέλιου. Αυτά που γράφω δεν τα άκουσα μόνον. Επισκέφθηκα ο ίδιος το Τροφώνιο και είδα άλλους αναζητητές. Εκείνοι που κατέβηκαν στο ιερό του Τροφώνιου είναι υποχρεωμένοι να αφιερώσουν μια πινακίδα, πάνω στην οποία είναι γραμμένα όλα όσα άκουσαν ή είδαν…"